Ojczyzną Malbeca jest Francja, gdzie szczep był znany od dawna. W wielu regionach występuje on pod różnymi nazwami. Jedna z nich, używana w Cahors to Auxerrois, co może sugerować burgundzkie pochodzenie odmiany. Inne teoria mówi, że ma ona korzenie węgierskie, a do Francji trafiła za sprawą chłopów emigrujących z tego kraju nad Sekwanę. Trudno orzec jak jest naprawdę, bo do tej pory brak jest jednoznacznych wyników badań w tym zakresie.
Pozostając przy Francji, odmianę można spotkać głównie w zachodniej części kraju oraz nad Loarą, gdzie występuje pod nazwą Côt, czy Cot. Jakby tego było mało w Libourenais (okolice Bordeaux) szczep jest nazywany Pessac. Ale tak naprawdę, to pod nazwą popularną w Argentynie, Malbec jest szeroko rozpoznawalny w winnym świecie.
Odmiana była jeszcze na początku XX wieku stosunkowo popularna w Bordeaux, ale kres tej karierze przyniósł tzw. wielki mróz, który nawiedził region w 1956 roku. Wymarzło wówczas nawet trzy czwarte krzewów w regionie, a w nowych nasadzeniach Malbec przestał odgrywać istotną rolę. Od tego czasu areał upraw szczepu w Bordeaux zmniejszył się pięciokrotnie (do obecnego poziomu ok. 1 tysiąca hektarów).
Jak to się więc stało, że Malbec zadomowił się w Argentynie (gdzie uchodzi obecnie za flagową, narodową odmianę)? Początki tej historii sięgają połowy XIX wieku i oczywiście sadzonki szczepu przybyły do Ameryki Południowej z Francji. Początkowo nic nie wskazywało na to, że Malbec osiągnie tutaj sukces. Co więcej, w trudnym dla kraju XX wieku, który w Argentynie upłynął pod znakiem kolejnych ekonomicznych kryzysów, spora część upraw została wykarczowana, a jej miejsce zajęły poślednie szczepy dedykowane produkcji win stołowych.
Prawdziwe odrodzenie to dopiero końcówka XX wieku, co zbiegło się z dążeniem miejscowych winiarzy do podniesienia jakości win i zwiększenia ich popularności za granicami kraju. Świetny odbiór, z jakim spotkały się argentyńskie Malbeki sprawił, że areał upraw pod Andami rósł wprost skokowo, osiągając dzisiaj ponad 30 tysięcy hektarów. Obecnie jest to oczywiście najpopularniejsza czerwona odmiana w Argentynie, a najsłynniejszy regionem produkcji jest Mendoza (a zwłaszcza podstrefy Luján de Cuyo i Uco Valley).
Na fali tej popularności w ostatnich latach możemy obserwować ponowne zainteresowanie odmianą we Francji, gdzie coraz częściej można spotkać wina jednoodmianowe, a także w Kalifornii, gdzie zwykle stanowi składnik bordoskich kupaży. Spore nasadzenia znajdziemy również po drugiej stronie Andów, w Chile.
Jako ciekawostkę można sobie odnotować, że Wines of Argentina, argentyńska organizacja promująca wina z tego kraju ogłosiła 17 kwietnia Międzynarodowym Dniem Malbeca.